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用于修飾DNA的酶與使用方法

信息分類:生命科學資訊    作者:yiyi發布 

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用于修飾DNA的酶與使用方法

酶應保存在-20℃冷柜中, 使用時取出放在0℃冰上, 酶的價格昂貴, 宜珍惜使用.

各種酶均有其特別的緩沖液. 通常均可在採購時向廠商索取.

The Klenow fragment:是E.Coli DNA PolymeraseI靠C端的部份,為刪去由NH2端的323個胺基酸而成,具有DNA Polymerase與3'→5'exonuclease的功能. 以Klenow fragment來將含螢光標定的d NTP或放射性標定的d NTP加于DNA片段尾端, 可將約0.1~4μg由電泳中提純的DNA, 加上螢光標定的d NTP, 再加上未標定的3 d NTPs, 再加上1U的Klenow fragment, 再加入適量buffer, 置30℃, 20min即可(其中d NTP的濃度在0.5mM). 此原理是利用限制酶切割后再經電泳提純的DNA, 在二端均有 ----____單股部分, Klenow fragment會將d NTP加于單股處, 此時需注意的是所缺的單股若正好無可配標定d NTP的核甘酸則無法標定, 故應注意. 如以Ban HI切割的會有GATC排序, 若以Eco RI切割的則會有AATT排序, 此時若以有標定的GTP或CTP來標定則無效.

亦可採用Random Oligonucleotide-Primed synthesis方法來標定DNA, 其原理為:將DNA以某一限制酶切割, 再電泳, 取出所需的DNA片段, 加熱使此雙股DNA分為單股, 再將Random Oligonucleotide(通常為六個nucleotides)接上去, 再放入d NTPs即Klenow frament, 如此, 則DNA片段就會被標定了.

方法:

1. 在一個小型離心管中加入2.5μl之0.5mM 3dCTPs.

2. 再加入10X之Klenow fragment buffer, 2.5μl.

3. 加入欲標定之有標定dNTP, 1μl.

4. 再加入1μl之Klenow fragment.

5. 再以另一支離心管, 加入約0.03~0.1μg的DNA(想被標定的DNA), 及Random hexanucleotide(1μg), 再加入T.E. buffer使總體機為18μl, 將此離心管置沸水中3min, 再取出放冰上.

6. 將二支離心管物溷合, 置室溫, 3hr, 反應即完成.

Taq DNA Polymerase之使用:

此酶係由Thermus aquaticus菌所分離出來, 它的最有效溫度是在75~80℃, 它多被用于Polymerase Chain Reaction(PCR). 其使用方法在介紹PCR時再行介紹.

RNase亦有由不同來源分離出來者, 所切割RNA的位置亦不同, 但一般RNase均能在多種反應情況下產生作用, 且使用后若要除去它, 通常要加入Proteinase K, 再以Phenol extractions及ethanol precipitation處理.

DNA ligases:

用以接合單股有缺口的DNA或雙股可交叉配合的DNA(即以限制酶切割所形成的 ----____ 交叉片段. 時下使用的ligase, 要ATP, E.Coli ligase要NAD為能源.

使用方法:

1. 在微量離心管中加入ligase緩沖液,再加入0.5mM ATP, 1μg DNA(即所需接合的DNA), 再加入1μ的T4 ligase, 置15℃, 2hr, 可成.

2. 若係二段鈍端DNA接合(即無交叉片段之DNA), 則需10倍以上的酶方能達成. 有研究顯示加入即為量的PEG8000可助ligase的功能.

運用ligase構建嫁接DNA分子:

1. 再將想構建的DNA片段經電泳幼提純之后, 以下法進行:

2. 取0.1至5μg想接合構建的DNA放入微量離心管中(體積以9μl為準), 再加入10μl之2X ligase buffer, 再加入1μl之10mM ATP, 再加入20至500μ的T4 DNA ligase(以有交叉配對的DNA為準).

3. 置15℃, 3hr, 或隔夜, 可成.

4. 將此接合之嫁接媒介, 以基因轉植方式, 植入E.Coli宿主, 并檢查結果, 依marker表現情形可知有無正確的結果, 若有, 則將含此正確嫁接媒介的E.Coli加以培養, 再以提純質體方式獲取大量所要的嫁接媒介.

2X T4 DNA ligase buffer之配方為:

100mM Tris.Cl, pH7.5

 20Mm MgCl2

 20Mm DTT(dithiothreitol此物必須冷凍保存)

在構建嫁接媒介時, 必須考慮到它要能在宿主中能自行複製, 且能將所要的基因表現出來, 而且還能加上marker, 以便由marker之有無來檢測構建之成功與否. 在使用ligase時, 常會有各種機率的結合, 而產生非所要的結果,亦有多段結合者, 但因皆與或然率有關, 理論上仍會出現若干所要的結果.

本文由出自上海光學儀器廠,轉載請注明
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